薄囊蕨亚纲是真蕨纲的一个亚纲，孢子囊壁仅由一层细胞组成。内含：紫箕目，又称薇目，出现于石炭纪，延续至今；真蕨目，出现于石炭纪，至现代仍有；复目，和槐叶复目均出现于第三纪，延续到今天。