藻蓝主要着色成分是C-藻蓝蛋白、C-藻红蛋白和异藻蓝蛋白。藻蓝蛋白含量约20%。藻蓝是亮蓝色粉末，属于蛋白质结合色素，具有与蛋白质相同的性质。易溶于水，有机溶剂对其有破坏作用。在pH3.5~10.5范围内呈海蓝色，pH4~8颜色稳定，Ph3.4为其等电点，藻蓝析出。对光较稳定，对热敏感，金属离子对其有不良影响。