蓝芙蓉花色素广泛存在于植物花瓣中，并因植物的种类不同而呈现出红、紫、蓝等不同颜色。蓝芙蓉和玫瑰的花色素同样为红色,据日本《每日新闻》11日报道，日本东京学艺大学名誉教授武田幸作等人成功地将蓝芙蓉花色素成分提炼成纯晶体，在X射线下观察蓝芙蓉的色素结晶构造发现，花色素中铁、镁、钙等三种金属离子和有机物黄酮经过复杂的结合，呈现出蓝色。