萨迦寺有精美壁画3000多幅，题材广泛涉及宗教、历史、文化和社会生活等方面，以佛经、教义、神话传说、历史故事、昆氏史、萨迦史、山水景观、花卉瑞兽、装饰图案等为主，场面宏大，内容丰富。