萨木于孜乡位于县境之东，乡政府所在地距县城54公里，东邻喀什乡，南滨伊犁河，西隔喀什河与巴依托海、维吾尔玉其温乡相望，北靠阿布热勒山。东西宽5.5公里，南北长23公里，总面积166.43平方千米。