臭水沟的形成是由于水中氧气不足，好氧微生物不能代谢分解有机污染物，而使厌氧微生物代谢产生甲烷、二氧化碳等气体和其他有害物质，杀死微生物，形成恶性循环，从而形成了臭水沟。