侧翼序列（flanking sequence）指存在于编码区第一个外显子和最末一个外显子的外侧的一段不被翻译的核苷酸序列。侧翼序列含有基因调控序列，如5’ 端含有的启动子、 增强子，3' 端含有的终止子和多聚腺苷酸信号等，对基因表达起重要的调控作用。在应用PCR技术分析DNA遗传多态性分析时， 侧翼序列常表示目的片段两侧与引物之间的保守序列。