现代细菌分布极广，无处不有。过去，只知中生代、新生代的沉积中， 保存了小球菌 (Micrococci)和杆菌(Bacillus)化石。近10余年,运用透射电子显微镜(TEM)和生物化学技术，已在古生代和前寒武纪的沉积中，发现细菌化石。