肝素酶（heparinase）是一类作用于肝素或者乙酰肝素分子的多糖裂解酶，编号为EC 4.2.2.－。广义上的肝素酶既包括微生物产生的以裂解方式降解肝素或硫酸乙酰肝素的酶类，又包括动物体内产生的以水解方式降解硫酸乙酰肝素的内源性（类）肝素酶（heparanase）。