肺隐球菌病为新型隐球菌（有荚膜包绕的酵母菌）感染引起的亚急性或慢性内脏真菌病。主要侵犯肺和中枢神经系统，但也可以侵犯骨骼、皮肤、黏膜和其他脏器。本菌感染后仅引起轻度炎症反应。肺部有局限性或广泛性肉芽肿形成，坏死和空洞少见，钙化和肺门淋巴结肿大极为罕见。也可在胸膜下形成小结节。隐球菌可在脑部冠状切面的灰质部分产生病变，可引起脑膜脑炎。肺部隐球菌感染的初期，多数病人可无症状；少数病人出现低热、轻咳，咳黏液痰，偶有胸膜炎症状。在艾滋病人中隐球菌感染经常是广泛播散的。在免疫功能重度受损的病人中可以发生急性呼吸窘迫综合征（ARDS）。