在三羧酸循环中，反应物葡萄糖或者脂肪酸会变成乙酰辅酶A。这种「活化醋酸」（一分子辅酶和一个乙酰基相连），会在循环中分解生成最终产物二氧化碳并脱氢，质子将传递给辅酶烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD）和黄素腺嘌呤（FAD），使之成为NADH + H和FADH2。NADH + H和FADH2会继续在呼吸链中被氧化成NAD和FAD，并生成水。这种受调节的「燃烧」会生成ATP，提供能量。