自然界中低聚异麦芽糖极少以游离状态存在，但作为支链淀粉或多糖的组成部分，在某些发酵食品如酱油、黄酒或酶法葡萄糖浆中有少量存在。 工业上以淀粉为原料生产低聚异麦芽糖需要一种酶，此酶为α-葡萄糖苷酶，又名葡萄糖基转移酶，简称α-糖苷酶。它能切开麦芽糖和麦芽低聚糖分子结构中α-1，6糖苷键，并能将游离出来的一个葡萄糖残基转移到另一个葡萄糖分子或麦芽糖或麦芽三糖等分子中的α-1，6位上，形成异麦芽糖、异麦芽三糖、异麦芽四糖、异麦芽五糖和潘糖等。