石眼是端砚独有的特色。是天然生长在砚石上犹如眼睛一样的“石核”。长有石眼的端砚石十分宝贵和难得。《砚谱》：“端石有眼者最贵。”在水岩、坑仔岩、麻子坑和梅花坑的少数砚石中可以见到石眼，宋坑砚石也偶有发现。