南澳县第二中学校址为原隆东中学校址，1998年8月由原后宅镇中学、隆东中学合并而成，定名为南澳县后宅镇第一中学，属后宅镇镇管的初级中学。1999年5月划为县直属学校，并更名为现校名即南澳县第二中学。