为鲱科沙丁鱼属的鱼类。短体小沙丁鱼与金色小沙丁鱼亲缘关系较近。依据分子进化速率推测4种小沙丁鱼发生分歧的时间约为800万年到1300万年前的中新世中、晚期，略早于其他鱼类。