碱性蛋白质（basic protein）一般是指在等电点条件下pH大于7的蛋白质。是指等电点比通常的生理条件下偏碱的蛋白质，精蛋白或组蛋白为其代表例。R基团在pH7.0时带有正电荷的氨基酸。例如赖氨酸，精氨酸，和组氨酸。精氨酸带有正电荷的胍基，组氨酸带有弱碱性的咪唑基础，赖氨酸在其脂肪链上带有第二个氨基。