疏水层析也称疏水作用下层析（hydrophobic interaction chromatography HIC）从分离纯化生命物质的机制来看，也属于吸附层析一类。疏水层析和反相层析（reversed phase chromatography）分离生命物质的依据是一致的，利用固定相载体上偶联的疏水性配基与流动相中的一些疏水分子发生可逆性结合而进行分离。该方法基于的是蛋白质的疏水差异，在高盐溶液中，蛋白质会与疏水配基相结合，而其他的杂蛋白则没有此种性质，利用此种性质，可以将蛋白质初步的分离，用于盐析之后的蛋白质进一步提纯。