特殊星系是大小、形状或构造与众不同的星系。特殊星系通常是由两个星系之间的交互作用造成的，也许比典型的星系有更多的尘埃与气体，或是有较低的表面亮度，也或者有其他的特性，例如相对论性喷流。它们的形状由于和其他的星系遭遇，在巨大的引力下而呈现出高度的不规则性。像是在哈尔顿的目录中，特殊星系的符号是"p"或"pec"。