特殊培养基包括厌氧培养基和细菌L型培养基，以及运输培养基、鉴别培养基、鉴定培养基、选择培养基等。厌氧培养基是培养专性厌氧菌的培养基，除含营养成分外，还加入还原剂以降低培养基的氧化还原电势。细菌L型培养基是针对细胞壁缺损的细菌L型，由于胞内渗透压较高，故培养基必须采用高渗低琼脂培养基。