牡丹江市气象局始建于1948年5月，受黑龙江省气象局和牡丹江市政府的双重领导，以气象部门领导为主。按照《中华人民共和国气象法》履行牡丹江行政区域内的气象工作职责。下辖绥芬河、宁安、东宁、海林、穆棱、林口六个县（市）气象局。