侯店村位于合肥市蜀山区南岗镇西部，312国道北侧，东部、北部与本镇双塘村接壤，西部与小庙镇交界，南部与合肥市高新区新店村毗邻，境内由双侯路南北贯穿而过，全村为合肥市高新区南岗科技园规划区域。