生态隔离是指生活在同一地区的同种个体，由于各自占据不同的生活场所，要求不同的生活条件，因此彼此不相接触而造成的隔离。生态隔离是由于食性、生活习性和栖息地点的不同，使几个亲缘关系接近的类群之间交配不易成功的隔离机制。例如，曾有报道：5种近缘雀在树冠的不同层次捕食不同的昆虫，以及营巢的位置和交配产卵的繁殖季节不同，所以它们虽然生活在同一片森林，甚至同一棵树上，也都因各有自己的生态位置而形成生殖隔离。