王庆根出身于小乡村的农民家庭，父亲只有小学文化，母亲是文盲。1987年进入海安中学读书，并在高中时期获得世界中学生奥林匹克竞赛金牌，免试进入南京大学，在美国斯坦福大学获得博士学位，2004年进入知名的Paypal公司一直做到首席工程师的职位。2012年4月6日，40岁的王庆根受抑郁症折磨在美国自杀身亡。