活菌计数法又称间接计数法。活菌计数法是在一定浓度的定量药物内加入定量的试验菌，经过一定时间培养后，取样进行活菌计数。活菌计数是将定量的药物与试验菌作用后的混合液稀释后加入琼脂培养基，制成平板，培养后数平板上形成的菌落数。直接计数法测定到的是死、活细胞总数，而间接计数法测得的仅是活菌总数。这类方法所得的数值往往比直接计数法测得的数值小。