济南海关于1987年3月筹备，1990年2月10日经国务院批准正式开关，对外开办业务，隶属于青岛海关。2012年5月9日，经国务院和中央编委批准，济南海关由原青岛海关隶属海关调整为海关总署直属海关，正厅级，为中国第42个直属海关。12月13日，新的济南海关正式挂牌。新组建的济南海关负责济南、泰安、莱芜、淄博、潍坊、德州、滨州、聊城、东营等9市的海关业务。济南海关揭牌暨领导班子任职仪式在济南举行。海关总署重新组建正厅级济南海关，使山东拥有了青岛、济南两个海关总署的直属机构。