一般认为制定海水水质标准时通常要经过两个阶段。首先，要确定海洋环境质量的“基准”，经过调查研究，掌握各种环境要素(包括污染物)的基本情况；一定阶段内海水、沉积物中污染物的种类、浓度和生物体中各种污染物的残留量；对靶系统(人体、生态系或生物资源等)影响的剂量与效应定量因果关系为主要依据，先行评定海水水质基准。其次，“标准”的确定要考虑指定保护海域的自然条件(海区的自净能力或环境容量)和社会条件(地区社会、经济的承受能力)，以代价与效益或代价与危险分析结果为主要依据，再行制定海水水质标准。