又称混合培养、混菌发酵或混合发酵。一种在深入研究微生物纯培养基础上的人为优化的双菌或多菌混合培养方式，属于微生物生态工程范畴。例如维生素C的二步发酵法等。混菌培养的类型很多，如联合混菌培养(双菌同时培养)、序列混菌培养(甲乙两菌先后培养)、共固定化钿胞混合培养(甲乙两菌混在一起制成固定化细胞)和混合固定化细胞混合培养(甲乙两菌先分别制成固定化细胞，然后两者进行混合培养)，等等。