水生生境是指水的自然生境结构，典型的水生环境是指海洋、港湾、盐沼、湖泊、池塘、河川和泉水。水生生境对水生动植物的构成和演变十分重要。水生生境中生活着的水生生物，是自然地貌、水流和波浪、水体中沉积物、河岸带植被等因子间相互作用的结果，反映出宏观和微观的生境特征。宏观生境也叫群落生境，包括缓慢流水和快速流水的宏观生境。微观生境一般指基底类型、覆盖物、深度、水力的复杂性和流速。基底类型一般根据颗粒大小确定，主要包括淤泥和泥土、砂土、砂砾、细砾、中砾和巨砾。在多数水生环境中占优势的光合营养生物是微生物。