核仁旁染色质是基因的转录活性显著降低。真核生物可以改变染色体某一区域的异染色质化的程度而控制基因的表达。雌性哺乳动物细胞中的一个X染色体的失活便是高度异染色质化的结果（见剂量补偿效应）。基因由于改变位置而处在异染色质区附近时，转录作用也会受到阻碍（见位置效应）。粉蚧科的一种介壳虫有两类个体，一类个体的细胞中的10个染色体都没有异染色质化，因而都是有功能的；另一类个体细胞的10个染色体中有5个高度异染色质化，因而是没有功能的。这就造成了和蜜蜂相似的情况，蜜蜂的二倍体是雌性的，单倍体是雄性的；在这里则前一类个体是雌性的，而后一类个体是雄性的。