根际微生物，是指紧密附着于根际土壤颗粒中的微生物，以细菌为主，其中革兰氏阴性菌占优势，最常见的有假单胞菌属、黄色杆菌属、产喊杆菌属、土壤杆菌属等。数量一般高于非根际土壤，不同植物的根际微生物组成和数量不同。植物生长过程中，凋亡的根系及其脱落物（根毛、表皮细胞、根冠等）、分泌物是根际微生物重要的营养和能量来源；并且由于根系的穿插作用，使根际的水分状况和通气条件优于非根际，从而形成有利于根际微生物生长繁殖的微环境。