梨根朽病主要侵害根颈部和主根，病部皮层内、皮层与木质部之间充满白色菌丝层，呈扇状，有浓厚的蘑菇味。新鲜病组织在黑暗处可显现浅蓝色荧光。高温多雨季节，在病树根颈酃或露出土面的病根上，常有丛生的蜜黄色蘑菇状子实体长出。