有根树是具有方向的系统发生树(phylogenetic tree)，包含唯一的节点，将其作为树中所有物种的最近共同祖先。最常用的确定树根的方法是使用一个或多个无可争议的同源物种作为外群(outgroup)，这个外群要足够近，以提供足够的信息，但又不能太近以至于和树中的种类相混。