日本灰绿龙胆，一年生草本，高2.5-14厘米。茎直立或斜升，黄绿色或紫红色，密被黄绿色乳突，自基部起多分枝，稀不分枝。蒴果外露或内藏，卵圆形或倒卵状矩圆形，长3-6.5毫米，先端钝圆，有宽翅，两侧边缘具狭翅，基部钝，柄粗壮，长至13毫米；种子淡褐色，椭圆形或矩圆形，长0.7-1毫米，表面具致密的细网纹。花果期3-9月。