扁头天竺鲷是脊索动物门、脊椎动物亚门的动物，分布于印度-西太平洋区，西起印尼，东至巴布新几内亚，北至台湾、日本。台湾屏东大鹏湾内是目前仅知唯一在台湾的产地。