亚麻锈病在亚麻的各个生育期都可发生危害。在幼叶、茎上产生淡黄色的性子器和锈子器；开花前后，在叶和幼果上产生鲜黄色至红黄色的夏孢子堆；生长后期，在下部的叶及茎杆病组织产生褐色至黑色的冬孢子堆，有时也产生在蒴果、小枝及花梗上。冬孢子堆微突起，有光泽，不突破表皮。