性染色质（sex chromatin）指高等哺乳动物体细胞，在间期细胞核中性染色体的异染色质部分显示出来的一种特殊结构。人类性染色体有X和Y两种，所以性染色质也有X染色质（X chromatin）和Y染色质（Y chromatin）两种。性染色质检查可初筛性染色体病及鉴别性别，对两性畸形可辅助诊断。