张亚芳长期从事关于水稻遗传与育种等方面的教学与科研工作，主要研究方向是水稻性状遗传、基因定位与克隆、载体构建与遗传转化等。以第一作者先后在《遗传学报》、《遗传》、《扬州大学学报（农业与生命科学版）》、《中国水稻科学》等杂志上公开发表学术论文4篇。