球队的前身是大冢制药足球俱乐部，成立于1955年。1992年参加旧制度的日本足球联赛，一度使用大冢FC德岛漩涡队的名字，但1999年由于仍然使用公司的名字，因而被降级为第三级新的JFL。2004年7月，球队为了升级到日职联，改名为德岛漩涡。2004年成功夺得JFL的冠军，因为升级到日职联乙级（J2）比赛，是第一支位于四国的日职联球队。2013年12月8日在附加赛中战胜京都不死鸟（J2）升级到J1联赛。2014年10月22日提前降入J2联赛。