微生物是生态系统的重要组成部分，直接或间接地参与所有的生态过程。微生物生态学是基于微生物群体的科学，利用微生物群体 DNA/RNA 等标志物，重点研究微生物群落构建、组成演变、多样性及其与环境的关系，在生态学理论的指导和反复模型拟合下由统计分析得出具有普遍意义的结论。