微生物多样性，①狭义上，指微生物物种多样性。②广义上，是指从微生物生命活动层次的角度，将微生物多样性分为遗传（基因）多样性、生理多样性、物种多样性和生态多样性四个层面。遗传（基因）多样性是指微生物群体或群落在基因水平上数目和频率的分布差异，主要体现在组成核酸分子的碱基数量的巨大性和排列顺序的多样性上；生理多样性可以分为生理结构和生理功能的多样性。