微生物所处的微小环境称为微环境，每个微环境只适合某种或某类微生物的生长繁殖，而不适合其它微生物的生长从而形成的群落结构，称为微生物区系。根据微生物生长繁殖的环境，可分为土壤微生物区系、肠道微生物区系等。