微生态系统是指在一定结构的空间内，正常微生物群以其宿主人类、动物、植物组织和细胞及其代谢产物为环境，在长期进化过程中形成的能独立进行物质、能量及基因（即信息）相互交流的统一的生物系统（biosystem）。微生态系统是由正常微生物群与其宿主的微环境（组织、细胞、代谢产物）两类成分所组成。