微波治疗疾病的原理比较复杂，由国内外研究结果可见微波治疗疾病主要是通过热效应和生物效应来实现的。由于极性分子间存在磁阻对振荡产生阻尼作用，从而消耗微波能量而生热，利用这些热量达到治病之目的，这就是微波治疗的热效应。 通过研究和实验表明，用微波照射病变部位，其治疗效果远远超过其它热敷方法。