同源性是序列同源或不同源的一种论断。两条蛋白质序列即使没有统计上显著的一致性，它们也可能是同源的，同源蛋白总是在三维结构上有显著的相似性，如果两条序列有一个共同的进化祖先,那么它们是同源的。