根据《自治区党委、自治区人民政府关于地（州、市）、县（市、区）党政机构改革的实施意见》（新党发〔2002〕4号）精神，设置巴音郭楞蒙古自治州工商行政管理局（规格处级）。巴音郭楞蒙古自治州工商行政管理局为自治区工商行政管理局的直属机构，负责本行政区域内的市场监督管理和有关行政执法工作，领导所属县（市）的工商行政管理工作。