崇左市气象局实行上级气象主管机构与本级人民政府双重领导，以上级气象主管机构领导为主的管理体制，根据授权承担崇左市行政区域内大气探测、天气气候预测预报，气象通讯、气象服务、气候资源开发利用、人工影响天气、防雷减灾、农网服务以及气象行政执法和行业管理等工作。崇左市气象局内设办公室、人事教育科、业务科（执法办）3个职能科室，直属事业单位7个：气象台、信息与技术保障中心、财务服务中心、科技服务中心、后勤服务中心、气象探测中心（江州区气象局）、防雷减灾管理中心、正中防雷公司，受崇左市政府委托代管市人工影响天气指挥部办公室，下辖江州、扶绥、宁明、凭祥、龙州、大新、天等7个县（市、区）气象局。