虾夷马粪海胆栖息于沙砾、岩礁地带的50m浅水域，水深5～20m处分布较多。海胆对饵料藻类选择性不强，壳径8mm以下稚海胆主食附着桂造及有机碎屑，后期改食大型藻类。虾夷马粪海胆生长快速，最大个体壳径可达10cm以上。