孤店子镇隶属于吉林市昌邑区，距吉林市北部25公里，地理位置东经120.3°，北纬38.4°。位于第二松花江西岸，吉林市吉长公路北线25公里处，与吉林经济技术开发区比邻。幅员面积71.4平方千米，农业人口21400人，辖区内共有10个行政村，85个社，4个居民委，有耕地面积4640公顷，其中水田4040公顷，旱田60公顷，是一个典型的水田乡镇。