封闭生态系统，是指不与外界进行物质交换的生态系统。物质循环仅限于本系统边界内部而呈自然稳定状态的生态系统。严格地说，一个封闭生态系统不是一个完全意义的封闭系统，因为能量（特别是光能和热能）可以在也必须在这个系统中进出。在封闭生态系统中，一种生物新陈代谢产生的任何废物必须能被另外至少一种生物所利用。封闭生态系统必须至少含有一种自养有机体，而化能自养生物和光能自养生物都被认为是必不可少的。但实际应用中，绝大多数的封闭生态系统大都建立在绿藻之类的光能自养生物上。