孔头底尾鳕本鱼躯干短；尾部侧扁甚延长，愈近末端愈纤细；无尾鳍。头部很宽大厚实，位于头顶之眼眶间隔大，口极大，端味无颏须。齿为珠粒状，多列成齿带。下颔有一排倒U型的大型鳞列；喉部弯曲；鳃耙细长状。两个背鳍之距离甚短，几乎相并连，第二背鳍比臀鳍高；无发光器；肛门位置紧邻臀鳍起点。体被大型圆鳞，极易脱落，鱼体全为深棕色，无任何斑纹，体长可达60厘米。